いろいろ書いたんですけどめんどくさくなったので消しちゃった。

血液型占いはあたるかどうか、という話。まあもちろん「あたりませんよ」と言いたいわけだが、その根拠についての話である。まあ赤子の手をひねるような話ではあるが、こういうつまらない話は例によってウケは悪いのでしょうが・・・ 血液型は、ヒトゲノム上…

最近、ゲノム科学の進歩に伴い、一般の方でもお金を払えば自分の遺伝情報を営利企業に読ませて、自分のゲノム配列を手にすることができるようになってきた。で、ゲノムなんて言うのは単に30億回AかTかCかGが繰り返し書かれているだけの情報なので、それだけ…

＜イレッサ訴訟＞「和解勧告は拒否」輸入のアストラゼネカ社 http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20110124-00000087-mai-sociという記事がありましたが（その評価については以前のエントリよりご推察ください）、それより気になったのはYahooからリンクが貼…

メモ。高速imputationのソフトウェアとしてminimacというのがあります。http://genome.sph.umich.edu/wiki/MinimacMACHに対するminimacはIMPUTEに対するIMPUTE2のようなもので、アルゴリズム的には似たようなものなのだそう（minimacのほうは例によってまだ…

http://d.hatena.ne.jp/what_a_dude/20110114/p1のエントリを読んで、この中の「検出力」と「モニタリング」についてより具体的に説明する方法がないものかと考えてみた*1。ポイントとしては、多少の確率分布を用いるがP値は使わない。ちょっとブラックボッ…

ところで今回紹介する論文は、GWASをはじめとするゲノム研究の中でも薬理ゲノム学pharmacogenomicsと呼ばれる分野の研究である。薬理遺伝学と呼んでもいいが、最近はこの言い方のほうが好まれているように思う。PGxという略称が好んで使われる。 薬理ゲノム…

年末忙しくて論文読めなかったので読むために記事書いてる感じです。メトホルミンの効き目がわかるSNPが発見されたとのこと。それだけでは申し訳ないのでUKPDSについて一説ぶちます。今回オモシロイと思ったのは、ついにUKPDSがGWASに手を出したということも…

今週新たな業績が発表されていたので、ちょっとまとめとして。 ナルコレプシーとは ナルコレプシーというのは、眠い眠い病気。眠い病気の鑑別診断として睡眠時無呼吸症候群、Kleine-Levin症候群、夜間ミオクローヌス症候群などがあるが、それらと区別するた…

才能占いページから適当に一つ選んでみよう。ところでこのページに「日本の各種遺伝子専門家からは、 明確な科学的根拠を持っているとは言えないと言われています。」と但し書きがついているが、これは最初からあるものなのかな。http://item.rakuten.co.jp/…

才能占い（前日の報道に関連したブクマでこの言葉を知った）の実際の効果の検証に入る前に、まずもっと科学的に確立している分野、病気の発症を予測するゲノム情報について、どういったものか、どのような影響を与えるのか解説する。 ゲノム研究が明らかにし…

そういえばこのはてなダイアリーに、一般の方向けの記事を書き始めたのは、妻の友人が件の「才能予測」の中国のサービスに6万円とかいう金額を払ったと聞いて、多少僕も啓蒙とかいうもんをしなきゃならんなあと決意したところから始まった「才能を予測する遺…

http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/abs/ng.691.htmlちなみにこの研究のための計算は、東大医科研ヒトゲノム解析センターのスパコンシステムを用いて行われたようです。 結果について 使用したサンプルはHapMapでも用いられた日本人ゲノムNA189…

日本人ゲノムが解読された。幸いニュース報道にはなっているようだ。http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20101025-00000003-jij-soci http://www.afpbb.com/article/environment-science-it/science-technology/2769507/6367918AFPBBは今回の用語の使い方は…

謝辞 自分ではてなブックマークでアナウンスしといてなんですが、多くの方に読んでいただいてありがとうございます。また、好意的な反応が多いようで恐縮しております。そしてこれを読んでいただいているということはまた訪問していただいたということだと思…

下記報道に対するみなさんのはてなブックマークでの反応が完全に間違っていたのでとても気になった。これはみなさんの責任ではなく、報道側の責任である。ひいては残念ながらわれわれ遺伝学者の責任であるとも言える。http://www.afpbb.com/article/life-cul…

才能と遺伝因子が「関連している」とはどういうことか 統計学的関連とはどういう事かということを話し始めると夜も更けてしまうわけだけども、ここでは簡単に次のことを指摘しておきたい。 まず第一に、これは''決定''ではない、ゼロか、イチか、ではないと…

一部にとんでもないのが混ざってる。どうして彼らは、統計学を勉強したこともなく、その「P値」なるものの理論的背景を知りもせず、「統計なんて言う数あそびで人の生命や病気が理解できるわけがない」、という直感的解釈を肯定してしまうのだろう。そのよう…

ホメオパシーの批判が喧しい。・・・と書いても、医師であり遺伝学者でもある私はこれについては当然賛成である。批判者はLancet2005メタ解析とお経のように繰り返しているんだけれども、これも当然で、あの10,000人規模のホメオパシーの効果判定試験を超え…

DNAサンプルによって子供の才能を判定するというビジネスが始まっているようだ。中国とかで（http://allabout.co.jp/finance/gc/45607/）。まあ、どこかがやるとは思っていた。わたしはこういったビジネスには反対派なのだが、Yahoo知恵袋の回答（http://det…

レバノンから送られてきた臨床情報ファイルに、合併症として"hashimoto"なんて書いてあるのを見ると少しうれしくなる。wikipedia:慢性甲状腺炎なんて、わざわざ無味乾燥な名前を使って日本人の業績を讃えることを控えなくたっていいのに。

3施設（Sanger, U Michigan, Broad）のコンセンサスコールはここにある。ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/pilot_data/release/2010_03/0908のSangerの古いデータはここ。ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/1000genomes/REL-0908/LowCov/昨日？新しいデー…

いつも忘れるので。ものによって必要なファイルは違うと思いますが・・・ sudo apt-get install libg2c0 libatlas-base-dev sudo ln -s liblapack.so.3gf.0 liblapack.so.3 sudo ln -s libatlas.so.3gf.0 libatlas.so.3 sudo ln -s libblas.so.3gf.0 libblas…

東海大の猪子先生のグループの論文がNature geneticsに載っていた。やれば出ることはわかっていたがやるのが大事。ベーチェット病といえば、ほとんどはトルコから日本までのシルクロード沿いにのみ発生するという特殊な自己免疫疾患で、すでにHLA-B51という…

自閉症は、最近autism spectrum disorder (ASD)と呼ばれるらしい。小児科でも精神科でもないので詳しくはない。親御さんにとっては大変深刻な病気であって、犯人（病気の原因）探しがずっと続いており、近年ではMMRワクチンが原因だと叫ばれたことがあったが…

ここ数年、市販ベースのSNPジェノタイピングチップの価格大幅暴落に伴ない世界中の研究者がゲノムワイド関連研究（GWAS）の成果をあげている（そもそも暴落したのは、あまりに結果がよいので幅広い需要ができたからだ）。それらの（まっとうな結果の）ほとん…

なんかSNP論文が増えすぎてよくわかんなくなってきたのでここにまとめていこうかなと思う。あわせてnext generationの論文で何やってるかもちらと見てみたい。今週のNG (Nature genetics)は、喫煙関連遺伝子特集のようだ。たばこを吸う吸わないは、意志の強…

サルコジがコロンビア大学に行って Welcome to the club of states who don't turn their back on the sick and the poor. Sarkozy blunt on U.S. healthcare reform – Foreign Policy こんなことをえらそうに言ってますが、移民が医療保険を申請してもう6ヶ…

なんか突然perlに組み込んだGDが使えなくなってしまった。 Can't load '/Library/Perl/5.10.0/darwin-thread-multi-2level/auto/GD/GD.bundle' for module GD: dlopen(/Library/Perl/5.10.0/darwin-thread-multi-2level/auto/GD/GD.bundle, 1): Library not …

出国直前に日本で髪を切ってくれた美容師が言うには、パリの美容師は日本人の髪を切ることがとても下手であるらしい。どうやら白人の毛っていうのはなにもしないでも寝るような毛質で、アジア人のように短髪にするとはねたりとかしないらしい。そこで日本の…