遺伝疫学

堂々と遺伝的差別を肯定する週刊現代について

※ 多くの人に見ていただいているようですが、「差別」の説明のところの記述に問題があるようなので書き直ししております。ゴメンナサイ。6月11日まただよ。出たコレ。ウケる〜*1。血液型より正確!? あなたの性格はDNAで決まっていた(週刊現代) | 現代ビジ…

ランダー・グリーン・アルゴリズム(7)

隠れマルコフモデル 隠れマルコフモデルについて、細かいところ(本質だけど)はぶっとばして、実装上のポイントだけ述べます。隠れマルコフモデルは、時系列のように、状態が徐々に変化していくようなもの、確率過程について、実際には観察されないデータ「隠…

ランダー・グリーン・アルゴリズム(6)

ついにランダー・グリーン・アルゴリズムの説明に入るぞ! 全般的なアイデア 1980年代後半に至るまでの間に、エルストン・スチュワート・アルゴリズムが開発され、それを実装したプログラムが無料で配布されるようになり、数々の連鎖解析が主に欧米で行われ…

ランダー・グリーン・アルゴリズム(5)

こういうのはですね、途中で間をあけると飽きて終わりになっちゃうのでですね、書ききってしまおうかと。 エルストン・スチュワート・アルゴリズム ランダー・グリーン・アルゴリズムの前段階である、エルストン・スチュワート・アルゴリズム*1について説明…

ランダー・グリーン・アルゴリズム(4)

小沢新党なみの純化路線をたどっているブクマ数が気になる! 家系の尤度 家系の「尤度(ゆうど、likelihood)」というお話です。まずは「尤度」について説明しようと思って色々書いたり消したりしていたのですがとりあえずこっち見てもらったほうが速いのか…

ランダー・グリーン・アルゴリズム(3)

あと3歩くらいでたどり着きそうかも・・・ 遺伝型の相(フェイズ) 前々回、遺伝型について説明しました。これはヒトのもつ二つの染色体上のアレルを組み合わせたもので、遺伝的データのうち病気などといった表現型へと直接的な関連を示すもので、浸透度モデ…

ランダー・グリーン・アルゴリズム(2)

ランダー・グリーン・アルゴリズムの紹介、第二回です。いつになったら辿り着くのやら! メンデルの法則 まず第一に、これはメンデルの法則にもとづくモデルです。メンデルの優性、分離、独立の法則を思い浮かべましょう。 優性の法則 law of dominance 優性…

ランダー・グリーン アルゴリズム(1)

お気に入り経由で以下の記事を読んでとてもおもしろかったのですが、http://ama.an-pan-man.com/archives/814原文も読んで確認もしたんですけど、エリック・ランダーが自己紹介するにあたって「ランダー・グリーンアルゴリズム*1」について一言も触れてない…

一般向けゲノムビジネスの件

アメリカなどではDTCゲノム検査とか言ったりするみたいですけど。病院での、患者さんの治療目的ではなく、一般のかたが「調べたい!」と思った時、お金を払って自分のDNAを検査してもらうっていう商売についての話です。はてぶの「お気に入り」を見ていたら…

肺癌と喫煙と遺伝因子

http://togetter.com/li/269595ほうほう。とても珍しいことに、NATROMさんより相手方のほうが少し分がある感じです。まあでもどちらも大きく間違ってはいないような*1。この議論参加者双方がわかっていてやっている可能性もありますが、喫煙関連の肺癌につい…

国内初のバイオバンクが、ついに!・・・っておーい

なんですとー。 国立循環器病研究センター(大阪府吹田市)は新年度から、患者の血液や診療情報を蓄積する「バイオバンク」を整備する。国内初の取り組みで、5万件以上の試料やデータを集め、研究者に提供する。 http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=2012010…

DNAを用いて、おじ・めいからでも身元確認

蝉コロンさん(いつもお世話になってます)とこのhttp://d.hatena.ne.jp/semi_colon/20111215/p1経由でhttp://www.asahi.com/special/10005/TKY201105070491.htmlというすこし古い記事が紹介していた、東日本大震災における身元不明の遺体について、「おじ・…

遺伝統計学における「因果律」の特殊性

※ 文章のインパクト?の問題から2回ほど書き直しましたが文意は特に変化ありません。今回のエントリは、下記の優れた記事をもとに、主にid:takehiko-i-hayashi さんやid:what_a_dude 先生、その他別分野の方のご意見を伺いたいというものです*1。http://d.ha…

ゲノム研究から見た血液型占い

血液型占いはあたるかどうか、という話。まあもちろん「あたりませんよ」と言いたいわけだが、その根拠についての話である。まあ赤子の手をひねるような話ではあるが、こういうつまらない話は例によってウケは悪いのでしょうが・・・ 血液型は、ヒトゲノム上…

商業ゲノム解析サービス 23andMe、deCODE me

最近、ゲノム科学の進歩に伴い、一般の方でもお金を払えば自分の遺伝情報を営利企業に読ませて、自分のゲノム配列を手にすることができるようになってきた。で、ゲノムなんて言うのは単に30億回AかTかCかGが繰り返し書かれているだけの情報なので、それだけ…

minimacに仕掛けられたトラップ

メモ。高速imputationのソフトウェアとしてminimacというのがあります。http://genome.sph.umich.edu/wiki/MinimacMACHに対するminimacはIMPUTEに対するIMPUTE2のようなもので、アルゴリズム的には似たようなものなのだそう(minimacのほうは例によってまだ…

ナルコレプシーのGWAS

今週新たな業績が発表されていたので、ちょっとまとめとして。 ナルコレプシーとは ナルコレプシーというのは、眠い眠い病気。眠い病気の鑑別診断として睡眠時無呼吸症候群、Kleine-Levin症候群、夜間ミオクローヌス症候群などがあるが、それらと区別するた…

才能を予測する遺伝因子について(4) 認知能力は、ゲノム調べてもわからない(今のところ)

才能占いページから適当に一つ選んでみよう。ところでこのページに「日本の各種遺伝子専門家からは、 明確な科学的根拠を持っているとは言えないと言われています。」と但し書きがついているが、これは最初からあるものなのかな。http://item.rakuten.co.jp/…

才能を予測する遺伝因子について(3)

才能占い(前日の報道に関連したブクマでこの言葉を知った)の実際の効果の検証に入る前に、まずもっと科学的に確立している分野、病気の発症を予測するゲノム情報について、どういったものか、どのような影響を与えるのか解説する。 ゲノム研究が明らかにし…

才能を予測する遺伝因子について、番外編 人類遺伝学会の声明について

そういえばこのはてなダイアリーに、一般の方向けの記事を書き始めたのは、妻の友人が件の「才能予測」の中国のサービスに6万円とかいう金額を払ったと聞いて、多少僕も啓蒙とかいうもんをしなきゃならんなあと決意したところから始まった「才能を予測する遺…

才能を予測する遺伝因子について(2)

才能と遺伝因子が「関連している」とはどういうことか 統計学的関連とはどういう事かということを話し始めると夜も更けてしまうわけだけども、ここでは簡単に次のことを指摘しておきたい。 まず第一に、これは''決定''ではない、ゼロか、イチか、ではないと…

EIGENSOFTを走らせるために

いつも忘れるので。ものによって必要なファイルは違うと思いますが・・・ sudo apt-get install libg2c0 libatlas-base-dev sudo ln -s liblapack.so.3gf.0 liblapack.so.3 sudo ln -s libatlas.so.3gf.0 libatlas.so.3 sudo ln -s libblas.so.3gf.0 libblas…

自閉症と関連する遺伝的多型

自閉症は、最近autism spectrum disorder (ASD)と呼ばれるらしい。小児科でも精神科でもないので詳しくはない。親御さんにとっては大変深刻な病気であって、犯人(病気の原因)探しがずっと続いており、近年ではMMRワクチンが原因だと叫ばれたことがあったが…

関連SNPの分子生物学的意義について、心筋梗塞関連SNPに着目して

ここ数年、市販ベースのSNPジェノタイピングチップの価格大幅暴落に伴ない世界中の研究者がゲノムワイド関連研究(GWAS)の成果をあげている(そもそも暴落したのは、あまりに結果がよいので幅広い需要ができたからだ)。それらの(まっとうな結果の)ほとん…

あなたがたばこを吸うのは、(ごく一部は)親から受け継いだDNAのせいである

なんかSNP論文が増えすぎてよくわかんなくなってきたのでここにまとめていこうかなと思う。あわせてnext generationの論文で何やってるかもちらと見てみたい。今週のNG (Nature genetics)は、喫煙関連遺伝子特集のようだ。たばこを吸う吸わないは、意志の強…